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手足口病是由肠道病毒引起的传染病，引发手足口病的肠道病毒有20多种，主要为小RNA病毒科肠道病毒属的柯萨奇病毒（COX）、埃可病毒和新肠道病毒。COXA组的16、4、5、7、9、10型、C（）XB组2、5、13型及肠道病毒71型（EV71）均为手足口病较常见的病原体。最常见的是COXA组16型及EV71。