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[目的]确定渭河流域各省（区）需向渭源县支付的水资源保护补偿量。[方法]分析了生态补偿的核心以及运行机制,计量了渭源县保护水资源所付出的成本,并根据受益者的支付能力、取水量和排放污水量确定其补偿分担系数,最后得出受益区应向渭源县补偿的额度。[结果]2005年,甘肃、宁夏和陕西应向渭源县支付的水资源保护补偿额分别为7642.21万、2878.73万和28318.88万元。[结论]该研究为建立流域的生态补偿机制提供了依据。