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跨行政区域水污染纠纷是政府之间的纠纷，属于公务纠纷。其涉及多个政府主体，解决难度大。我国跨行政区域水污染纠纷解决机制主要包含和解、调解两种方式，该机制的根本缺陷在于诉讼机制的缺失，法律强制效力不足。完善该机制的关键是建立地方政府间诉讼。建立政府间的诉讼具有合理性和合法性，此类诉讼由共同的上级政府所在市的人民法院管辖，可以调解。