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orthologs指起源于不同物种的最近的共同祖先的一些基因。orthologous的基因，具有相近甚至相同的功能，由相似的途径调控，在不同的物种中扮演相似甚至相同的角色，因此在基因组序列的注释中，是最可靠的选择。orthologs的生物信息预测方法主要有两类：系统发生方法和序列比对方法。这两类方法都是基于序列的相似性，但又各有特点。系统发生方法通过重建系统发生树来预测orthologs，因此在概念上比较精确，但难于自动化，运算量也很大。序列比对方法在概念上比较粗糙，但简单实用，运算量相对较小，因此得到了