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以茎瘤芥（Brassica juncea Coss.var.tumida Tsen et Lee）黑斑病病株为试材,对黑斑病菌5.8 S rDNA及其侧翼ITS区序列进行克隆、测序和比对分析。结果表明,5个供试病菌碱基序列同芸薹链格孢的碱基序列相似度达到99.68%,不存在大于3 bp的碱基差异;而与甘蓝链格孢和萝卜链格孢的碱基差异较明显,均存在大于3 bp的碱基差异,且存在大量的缺失片段。初步确定引起茎瘤芥黑斑病的病原菌为芸薹链格孢。