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山区生态经济系统是一个人地相互作用、相互制约,有别于其它生态经济系统的复杂巨系统。西北山区是经济相对落后的地区,生态环境保护面临许多问题;对祁连县生态经济系统进行了研究,运用衡量可持续发展的新指标——生态足迹方法对该县1999年的生态足迹进行了计算,发现该年经济发展在其所提供的生态承载力范围内;对该县在实现生态经济系统的协调发展中应注意的问题进行了简要的探讨。