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医院“以药养医”局面的形成，源于政府对医疗机构补偿不到位。多数医院长期依赖药品收支结余形成的“利润”，维持大型设备购置和基础建设，解决医务人员的奖金和福利。为保持这种平衡，许多医院对“医药分家”的改革措施配合的积极性并不高。一些地方虽然出台了改革政策，提出医药分业，但医院于无奈之中，只能在执行过程千方百计找对策。