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为探究牦牛酥油脂肪球膜（milk fat globule membrane，MFGM）蛋白纯化前后的蛋白组成及功能差异，通过表面活性剂聚乙二醇辛基苯基醚溶液和钠离子磷酸盐缓冲溶液提取牦牛酥油中MFGM蛋白，利用AKTA pure 25M蛋白质纯化系统结合阴离子交换层析柱DEAE-Sepharose FF（DEAE琼脂糖凝胶），对MFGM蛋白脂肪酸结合蛋白3（fatty acid binding protein 3，FABP 3）纯化工艺进行优化，得出最优条件为：洗脱体积为50 mL，缓冲液pH为7.4，洗脱速度为1.6 mL/min，洗脱液浓度为0.50 mol/L，该条件下，FABP 3得率达83.19%。以牦牛酥油MFGM蛋白粗提物和纯化物为研究对象，通过十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳和液相色谱质谱联用技术，结合无标记相对定量分析，得出主要MFGM蛋白为FABP 3，共定量到31种MFGM蛋白，其中纯化MFGM蛋白和粗提MFGM蛋白差异蛋白20种，并通过基因本体功能注释、KEGG代谢通路分析对鉴定到的蛋白进行功能及作用的生物学途径的探讨。