【摘 要】
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为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制，该文对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析，获得了丰富的序列数据，并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明：（1）辣椒转录组检测共获得128 939条Unigene，其总全长与均长以及GC含量分别是55 082725 bp、1 101 bp和40.57%。与七大功能数据库进行比较，分别有102 123（NR:79.20%）、110 1
【基金项目】
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国家自然科学基金（32260760）； 贵州省科技计划资助项目（2022050,20201Z002,2021063,20202102）； 贵州省农业农村厅资助项目（黔财农[2022]89号）；
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为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制，该文对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析，获得了丰富的序列数据，并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明：（1）辣椒转录组检测共获得128 939条Unigene，其总全长与均长以及GC含量分别是55 082725 bp、1 101 bp和40.57%。与七大功能数据库进行比较，分别有102 123（NR:79.20%）、110 157（NT:85.43%）、70 203（SwissProt:54.45%）、73 539（KOG:57.03%）、77 646（KEGG:60.22%）、77 442（GO:60.06%）以及68 216（Pfam:52.91%）个Unigene获得功能注释。发现脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝胁迫应答中起重要作用。（2）从辣椒转录组数据中发掘到26 574个SSR位点分布在24 889个Unigene中。SSR的出现频率为20.61%，其中单核苷酸重复所占比例（37.26%）最高，其次是三核苷酸（31.00%）和二核苷酸（25.44%）重复类型，三者占EST-SSR总数的93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多的基序类型为A/T、AG/CT和TC/GA，然后是AT和TA；三核苷酸中最常见的基序类型是TTG/CAA和ACA/TGT。（3）用Primer 3设计了EST-SSR引物10 002对，随机选择30对引物进行PCR扩增，均可获得有效扩增。通过3份辣椒材料进行扩增，其中7对引物可以扩增出目标条带。综上所述，在辣椒中优势SSR重复类型的基序结构和其他品种基本相近，并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分子机制，开发了EST-SSR标记，为辣椒耐涝遗传育种提供参考。
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