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在已构建的全光纤结构生物传感器的基础上，对系统中关键器件——光纤连接器中的信号收集效率和噪声进行了理论分析．针对荧光信号传输的特点，采用光纤端面光强均匀分布的模型，运用重叠面积积分的方法推导出计算信号耦合效率的公式，计算了各种连接器结构下的信号耦合率，以求达到最好的接收效果．并分析了主要噪声的影响，通过建立的模型，给出了抑制噪声的方法和结构参数．最后根据实验得到的结果，分析了现有系统的连接器，并提出了改进方法.