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学院设置是高等学校治理结构和内部管理体制改革的重要内容。通过对全国7所农业高校的学院设置、学科分布进行比较研究发现，当前高等农业院校学院设置存在数量偏多，学科分割严重；设置的随意性较大，欠规范；以专业培养模式为主进行设置，对市场需求复合型人才的要求关注不够等弊端。高等农业院校应在管理幅度、管理成本、学科群等理论的指导下，合理设置基础与应用学科学院，重视强势学科和特色学科院（系）建设；科学确定学院数量，增加学院学科容量；加强高校内部治理结构，扩大学院办学自主权。