【摘 要】
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目的 对EgRad54基因进行生物信息学分析,并对细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达情况进行检测分析.方法 克隆EgRad54基因并对编码产物的理化性质、二、三维结构进行预测和分析;
【机 构】
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新疆医科大学药学院,新疆乌鲁木齐,830054;南京师范大学生命科学学院;新疆医科大学第一附属医院药学部;新疆医科大学第一附属医院,省部共建中亚高发病成因与防治国家重点实验室
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目的 对EgRad54基因进行生物信息学分析,并对细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达情况进行检测分析.方法 克隆EgRad54基因并对编码产物的理化性质、二、三维结构进行预测和分析;采用MEGA5.0软件构建系统进化树并进行分析;采用qRT-PCR检测细粒棘球绦虫不同发育阶段的EgRad54 mRNA的表达水平.结果 EgRad54基因开放阅读框长度为1 714 bp,NCBI blast比对显示其序列与原始序列相似性为100％,DNAMAN比对相似性为95.40％;EgRad54蛋白含有581个氨基酸,相对分子质量为65.520 45×103,理论等电点为8.91;在EgRad54蛋白二级结构中,α-螺旋占44.41％,β-折叠占13.25％,β-转角占6.37％,无规则卷曲占35.97％;三级结构选择123i.A模型,GMQE为0.78,QMEAN为-3.51,序列相似度为69.33％,覆盖率为85.20％;进化树显示EgRad54基因与多房棘球蚴亲缘关系较近;以未消化原头蚴组作为对照组,qRT-PCR检测胃蛋白酶消化原头蚴组和囊泡组Rad54基因相对表达量分别为1.126±0.068和1.111±0.073,差异无统计学意义(F=4.034,P>O.05).结论 成功克隆出细粒棘球绦虫原头蚴Rad54基因,其编码EgRad54蛋白二级结构主要为α-螺旋.该基因在细粒棘球绦虫原头蚴及棘球蚴期不同发育阶段均有表达.
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