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"双一流方案"系统描绘了"双一流"建设的理论框架,体现了先人后物的大学发展逻辑。但是,其以绩效为杠杆的基本原则与这一逻辑发生了内在冲突,至少会在三个方面造成高校的学术文化困境:导致高校的学术气候产生异化;削弱大学教师的价值认同;加剧高校内外部无序竞争,并使校长的学术领导力产生一定程度的偏离。从系统思考的"转移负担"模式来看,绩效原则不仅造成了学术文化困境,还在实质上阻碍了双一流的建设。