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生物柴油在较低温度下性能较差以及对发动机部件产生的负面影响，同时增加油耗。另外，制取生物柴油的生产过程即脂肪酸的甲酯化过程，而脂肪酸来自于植物油（如棕榈油和大豆油）相对比较昂贵，同时产生大量副产物甘油。日本石油公司与丰田汽车公司合作开发的新工艺可解决这些问题，该新工艺使用植物油提高常规石油基柴油的产率。