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共生菌是长期与宿主共同生活的一大类群的特殊微生物,过去长期被忽略,相关研究相对薄弱。事实上,因长期与宿主共进化,其生理生化特点更加鲜明、次生代谢产物合成更具特色。本文首先简单介绍了近年共生菌次生代谢产物的结构特点与生物学功能,然后对植物内生菌、昆虫共生菌、海绵共附生菌等重要共生微生物做了重点阐述。从已有研究结果来看,共生菌确系新活性天然产物的重要来源。