目的:评价北京市2006-2015年年间公立医院和民营医院的服务效率的动态变化,并比较分析公立医院与民营医院全要素生产率在不同区域和医改前后变动的差异,为提高公立医院、民营医院的服务效率提供参考。方法:运用数据包络分析的Malmquist指数模型对北京市2006-2015年的医院的全要素生产率变动进行分析。结果:2016-2015年年间,民营医院和公立医院的全要素生产率平均每年分别在以0.92%和3.88%的速度进步,公立医院得益于技术效率和生产技术的进步,民营医院更加依赖于生产技术的进步;不同区域和医改前后的公立医院和民营医院的全要素生产率变动趋势有显著差异。结论:公立医院全要素生产率进步速度高于民营医院主要源于技术效率的进步,民营医院应继续提高管理水平,公立医院要进一步提高规模效率,达到最佳适宜规模运营。同时卫生部门要合理配置卫生资源,进一步深化医疗卫生体制改革,提高公立医院和民营医院的服务效率。