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《方法学》一书揭示了方法学的学科性质，把它看作是关于行动规律的科学，从而把它同其他关于现实对象的科学区分开来，为我们从总体上把握方法学体系，提供了创造性的理论见解。作者用现代复杂性科学的最新成果，将中国古代整体论和有机论的思想具体化，提升到现代的水平；同时，使西方现代科学的思维方式具有中国的民族特点，实现中国辩证思维传统与现代科学思维传统方法的结合。同时，进一步论述了方法的选择是自由的；任何解决问题也是自由的，而且是一项更重要的创造性工作。综合起来说，就是立足现代，继承传统，自由创新。