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采用AFLP分子标记技术对珠江长臀(鮠)和海南长臀(鮠)共60个个体(每个群体30个)进行了遗传多样性研究.选取的18对引物组合均能扩增出清晰、可重复的扩增产物,扩增带型差异明显.两个群体均表现出较高的多态位点比例和特异性条带数.群体内个体间的遗传相似度(平均值)珠江长臀(鮠)种群为0.9462±0.0237,海南长臀(鮠)为0.9465±0.0226,海南长臀(鮠)比珠江长臀(鮠)略高.群体间的遗传相似度是0.9367±0.0231,小于两个群体内的遗传相似度,两群体的遗传距离是0.0634±0.0230.根据遗传相似度绘制了UPGMA聚类图.研究结果表明:珠江长臀(鮠)和海南长臀(鮠)间的遗传差异属于种内差异,两者同属一个有效种.