【目的】通过比较结肠正常黏膜、腺瘤、腺癌组织之间的蛋白质组表达差异,寻找结肠腺癌相关的蛋白质,筛选结肠癌早期诊断的分子标志物。【方法】运用比较蛋白质组学技术,对8例结肠癌患者(伴有腺瘤)的正常黏膜、腺瘤、腺癌组织提取的总蛋白进行双向电泳(2-D),分析凝胶图片选择两两间差异表达超过2倍的蛋白质进行MALDI-TOF/TOF质谱分析和生物学信息分析。【结果】成功建立结肠正常粘膜、腺瘤、腺癌的双向凝胶电泳图谱,在凝胶电泳图谱中平均蛋白质斑点数分别为3066、2986和3289,其中两两间表达差异超过2倍的斑点共有31个,质谱分析和数据库检索共鉴定出18种蛋白质,包括keratin8、S100A6、protein disulfide isomerase等。从功能分析,这些差异蛋白与癌细胞的发生、增殖、分化、转移等相关。【结论】比较蛋白质组学能较好地提示结肠腺癌与腺瘤及正常组织间的蛋白质表达差异,而对相关差异表达蛋白的研究有可能为结肠癌的早期诊断和治疗提供新的分子靶向。