【摘 要】
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微小核糖核酸(microRNA,miRNA)作为重要的基因调控元件,在多种哺乳动物皮肤及毛囊中均有表达,并在转录后水平调节皮肤和毛发的生长和发育过程.本研究旨在对西藏绒山羊(Capra hircus)皮肤组织miRNA进行分析与鉴定,探讨miRNA在绒毛纤维直径性状中可能发挥的作用及调控机制.分别选取细绒(平均纤维直径(12.04±0.03)μm)和粗绒(平均纤维直径(14.88±0.05)μm)的西藏绒山羊各4只,对肩胛部皮肤组织提取RNA建立文库进行高通量测序.对原始序列进行过滤,并与参考基因组(AR
【机 构】
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新疆畜牧科学院畜牧研究所/新疆绒毛用羊遗传育种与繁殖实验室,乌鲁木齐830011;中国农业大学动物科学技术学院,北京100193;西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所,拉萨850009;山东省农业科学院
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微小核糖核酸(microRNA,miRNA)作为重要的基因调控元件,在多种哺乳动物皮肤及毛囊中均有表达,并在转录后水平调节皮肤和毛发的生长和发育过程.本研究旨在对西藏绒山羊(Capra hircus)皮肤组织miRNA进行分析与鉴定,探讨miRNA在绒毛纤维直径性状中可能发挥的作用及调控机制.分别选取细绒(平均纤维直径(12.04±0.03)μm)和粗绒(平均纤维直径(14.88±0.05)μm)的西藏绒山羊各4只,对肩胛部皮肤组织提取RNA建立文库进行高通量测序.对原始序列进行过滤,并与参考基因组(ARS1)比对;根据miRBase中已知miRNA和参考基因组中其他非编码RNA(non coding RNA,ncRNA)的位置信息,对miRNA和其他小RNA进行鉴定,筛选出不同绒毛细度的西藏绒山羊皮肤组织差异表达miRNA,并进行靶基因预测及功能分析;进一步利用qPCR验证5个miRNAs与测序结果的一致性.结果表明,每个样本至少获得20.09 M条原始读长,过滤后至少得到19.46 M条有效读长(clean reads),共鉴定出426个已知miRNAs和119个新miRNAs;筛选获得12个差异表达miRNAs,其中5个miRNAs在细绒型西藏绒山羊皮肤组织中显著上调表达,7个miRNAs显著下调表达;差异表达miRNAs共预测到621个靶基因,KEGG分析显示靶基因富集到B细胞受体信号通路、FcεRI信号通路、T细胞受体信号通路等生物学通路中;同时,选取的5个miRNAs的qPCR验证结果与测序分析的表达趋势一致.本研究结果提示,西藏绒山羊的绒细度可能受不同miRNAs调控,这些miRNAs进一步影响靶基因的表达并参与调控不同的信号通路.本研究为深入揭示调控山羊绒细度的miRNAs和相关信号通路提供参考依据.
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