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国家自然科学基金项目是推动知识创新系统实现其功能的重要形式.在对国家自然科学基金重点项目管理与实施的实证研究基础上,本文通过相关分析,确定出影响重点项目绩效的三种影响因素:与项目实施有关的因素,与项目管理有关的因素,与项目科学功能有关的因素.在对这些因素进行分析后,作者从提高重点项目管理的公正性、科学性和规范性出发,提出改进重点项目管理与实施的建议.