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【目的】研究秸秆还田方式对东北黑土理化性质及微生物群落的影响。【方法】实验周期为2019年12月至2021年10月，秸秆还田采用两种方式：秸秆直接还田+微生物菌剂WJ （Straw direct return + microbial agent WJ; MD），秸秆堆肥还田+微生物菌剂WJ （straw compost return + microbial agent WJ; MC）。分析土壤肥力、酶活和微生物群落【结果】分析两种方式土壤有机质（SOM）、腐殖质（HS）和富里酸有机碳（FA-C）含量，发现秸秆直接还田+微生物菌剂WJ比秸秆堆肥还田+微生物菌剂WJ分别增加2.28 g/kg、7.82 g/kg和5.26 g/kg。土壤铵态氮(NH4+ -N)、速效磷（AP）略高于秸秆堆肥还田+微生物菌剂WJ，均在6月份达到峰值。胡敏酸有机碳（HA-C）含量下降。此外，土壤脲酶、蔗糖酶、纤维素酶活性和碱性磷酸酶活性对比发现，秸秆直接还田+微生物菌剂WJ比秸秆堆肥还田+微生物菌剂WJ分别高8.55%、15.46%、4.35%和6.19%。高通量测序结果显示秸秆直接还田+微生物菌剂WJ中细菌和真菌的多样性均比秸秆堆肥还田+微生物菌剂WJ丰富。其中Anaerolinea、Bacteroidetes、Pseudomonas为优势细菌，Tausonia、Mrakia、Mrakiella为优势真菌。【结论】秸秆直接还田+微生物菌剂WJ比秸秆堆肥还田+微生物菌剂WJ更有利于土壤有机质、腐殖质、土壤酶活性和微生物多样性的增加，这说明秸秆添加WJ菌剂直接还田可以减少有机养分的流失，保持田间土壤肥力。