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手术治疗目前是根治肛瘘的唯一方法。其诊治关键为查明病因,正确评估并处理原发内口、外口及瘘管。一般而言,单纯性及低位肛瘘较易治疗,并发症和后遗症相对较少;而高位复杂性肛瘘治疗难度较大,其治疗的目标为既要治愈肛瘘,又要最大限度保护肛门功能。近年来,国内外学者围绕该目标作了大量的研究工作,取得令人瞩目的新成果。