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分子动力学模拟是研究材料辐照效应下微观结构演化的重要工具。对4款主流材料计算大规模分子动力学开源软件LAMMPS、Ls1-MarDyn、IMD和CoMD进行了详细的介绍,从数据结构、计算方法、并行分解方式、原子存储等多个方面进行了横向分析比较。通过设计算例测试了各软件的计算效率、并行性能和内存使用情况。针对压力容器关键材料辐照缺陷演化计算特点,提出了设计节省存储空间的面向单晶的新型数据结构的设想,为后续实现大时空尺度分子动力学模拟研究提供了研究基础。