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刘祖贻研究员对温病源流有其独到见解,提出“温病起源于秦汉之前,并不晚于伤寒学说”的观点；认为正虚邪伏是“伏气温病”的病机特点,扶正透邪是伏气温病的治疗原则,从而丰富了伏气温病的内涵；在温病治法方面独树一帜,提出“祛邪毒,透泄为要”、“重防变,早治当先”的温病治疗总则；并运用其温病新论指导临床治疗乙型肝炎、银屑病、恶性肿瘤等疾病.