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基于研究型大学加强自身建设与承担各项职能的历史使命,本文以无形资源和职能成果两个阶段性产出划分财务资源配置过程,并构建基于两阶段共享投入关联网络DEA的财务资源配置的相对效率测算方法。2006~2016年29所中国研究型大学财务资源配置相对效率的评价结论表明:无形资源积累阶段是限制绝大多数研究型大学财务资源配置总体效率提升的瓶颈;超过半数的高效型研究型大学位于经济发展水平较高的东部地区,但该地区研究型大学的效率均值低于中西部地区;由于无形资源产出与积累相对不足,研究型大学两个配置阶段的效率分别出现逐年降低