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排污许可制度是发达国家普遍实行并证明行之有效的环境管理制度，也是环境质量改善的基础核心制度。文章针对各地原有排污许可证制度与新制度衔接、毖于环境质量和最佳技术的许可限值核定、排污许可证管理范围和内容、与其他相关制度共生共存、排污许可证监管力度、企业环境管理水平和人员素质等问题，分析了排污许可证改革实施可能面临的若干挑战，并针对这些问题和挑战，提出了相应的措施建议。