草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

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草莓白化相关病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道.采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPaV中国分离物(FJ)的基因组全长.该病毒含有两条正单链基因组RNAl和RNA20RNA1全长8 048 nt,5'和3'非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF la/lb融合蛋白和p9蛋白.RNA2全长7 977 nt,5'和3'非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白.RNA1和RNA2与美国Ml分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPaV中国分离物(FJ)单独处在一个分支.对SPaV来源的小RNA的分析表明,来源于SPaV的小RAN长度以21和22 nt为主.
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