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Y染色体是男性特有的染色体,传统观念认为它的作用就是决定性别。Y染色体上的多个基因与男性不育相关,如SRY基因。作为与X染色体配时的Y染色体上,有95%是男性特有序列,并且在此序列上有多个回文序列。在回文序列上,经常发生臂间基因转换,即自体性行为。这种独特的方法,使Y染色体拥有了自我保护能力。