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根据已知算法编写了一种预测多肽和多肽类似物质谱碎片质量的程序。采用C＋＋语言编写，具有良好的移植性，可与EXCEL等表格处理软件联用。它不但可处理天然多肽，也可以处理含有由用户定义的非天然氨基酸残基的多肽类似物。对多个多肽类似物的质谱碎片质量进行了预测，与实测结果比较后证明预测全部成功，说明本程序的结果有效、可靠。使用该程序对多肽和多肽类似物的质谱碎片质量进行预测，可以大幅简化该类化合物质谱解析过程。