摘要：物种的进化史通常被描述成一棵有根系统树，但是当物种进化过程中发生网状进化事件（如，杂交、重组和水平基因转移）时，物种的进化史不再适合被描述成系统树。系统发生网络是系统树的一般化，也是被用来描述物种的进化史，并可以描述物种的网状进化事件。而且系统发生网络也可以可视化冲突数据集，如由不同的基因得到的物种树。因此，系统发生网络的研究是生物信息的一个重要领域。介绍了系统发生网络的概念、发展、研究现状，总结了现有的系统发生网络构建算法。 全文查看链接 　　Hein[32]首次对构建系统树的最大简约法延伸到构建系统发生网络上。此后，Nakhleh 等[33]旨在促进系统发生网络的构建和评估，而为每个网络定义了最简标准。文献[33]中提出的算法 Net2Trees 可用来计算网络的最简值，Net2Trees 算法的时间复杂度是指数级的。之后 ，Jin 等[34]改进了这一Net2Trees 算法，并提出了解决此问题的线性时间算法[35]。以上介绍的最大简约法都是用相同的方式定义网络的最简值，都是将网络包含的所有树的最简值的最小值作为此网络的最简值。Kannan 等[36]提出了另一种网络最简值的定义，即可定义为网络所有边的替换代价之和，并将计算系统树最优简约值（optimum parsimony score）的 Sankoff 等[37-38]方法延伸到系统网络上。 全文查看链接 　　[9]MADDISON W P. Gene trees in species trees. [J]. Systematic Biology， 1997， 46（3）：523–536. 全文查看链接 　　[25]WHITFIELD J B， CAMERON S A， HUSON D H， et al. Filtered Z-closure supernetworks for extracting and visualizing recurrent signal from incongruent gene trees[J].Systematic biology， 2008， 57（6）：939–947. 全文查看链接