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针对锥束CT三维重建算法存在数据量大，重建时间长的问题，提出了一种基于RAID存储系统和GPU共同加速锥束CT重建过程的方法。该方法先构建RAID存储系统，利用多个磁盘阵列并行读取投影数据。提高数据的载入时间；在此基础上，利用GPU技术来加速FDK重建算法，减少重建过程的时间。实验结果表明，在保证重建质量的前提下，本文提出的加速方法，相比于传统方法，速度提升约60倍。