MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与多种生理生化过程.为探讨辣椒(Capsicum annuum)MYB转录因子家族功能,本研究对辣椒R2R3-MYB转录因子家族进行全基因组鉴定和生物信息学分析,并利用转录组技术检测辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)对该家族成员基因转录水平的影响.结果显示,辣椒基因组中共鉴定出102个R2R3-MYB类转录因子,在各条染色体上均有分布.系统进化树分析发现,辣椒R2R3-MYB可分为11个亚家族,其中Ⅺ亚家族的保守结构域、共有基序和基因结构与其他亚家族有明确的区别;保守结构域包括差异显著的2类,每个类别中的保守结构域高度相似;R2R3-MYB基因结构在亚家族间有明显区别;辣椒基因组中有5对来自串联复制的同源R2R3-MYB基因;与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、番茄(Solanum lycopersicum)R2R3-MYB基因进行系统发生分析,102个辣椒R2R3-MYB转录因子可分为22个亚家族.上述结果表明,R2R3-MYB蛋白最初通过基因组复制、内含子插入和结构域改组而多样化,但在随后的植物进化过程中相对保守.进一步利用辣椒转录组数据分析R2R3-MYB基因的表达模式,发现部分R2R3-MYB转录因子能够响应疫霉菌的侵染,多个R2R3-MYB基因在抗病品种中上调表达,提示疫霉菌可诱导MYB转录因子的表达.本研究为深入探讨辣椒R2R3-MYB转录因子家族参与疫霉菌抗性的机制提供参考依据.