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以48.2×5003的166个F2单株为作图群体,利用135个RFLP探针和131对SSR引物对亲本48—2、5003之间的多态性进行了检测,筛选出109个RFLP多态性探针和81对SSR多态性引物用于R群体分析,利用上述109个RFLP标记和81个SSR标记,构建了具190个RFLP、SSR标记199个标记位点的玉米分子遗传图谱,覆盖整个基因组2984.1cM,标记间平均间距15.1cM。