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北东向的锦屏山－小金河断裂带从北东到南西斜穿整个锦屏水电站工程区。在它的东南和西北分别有北北西走向的羊坪子－纸厂沟断层组和北西走向的前波，高牛场等断层。锦屏山－小金河断裂带的马山头－周家坪断层组，瓦科断层组和北西向前波断层等晚第四纪继续活动，但活动强度很弱。工程区新构造运动以整体抬升为主，兼水平滑移和旋转运动。历史至今，工程区地震活动微弱，是地壳相对稳定的地区。