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分子动力学模拟是随着计算机技术发展而兴起的一种科学计算方法，在基于事件驱动的椭球分子动力学模拟中碰撞检测是一个核心计算问题。为提高基于事件驱动的分子动力学模拟的效率，提出利用代数法计算椭球分子间的碰撞时间，通过椭球分子膨胀形成包围域，并使用代数法建立最近邻居列表。模拟实验结果表明，该算法的计算效率明显提高，特别是该算法不受椭球粒子长宽比的影响。