学校管理是一项涉及人、财、物，牵扯各方面的复杂而又敏感、重要而又烦琐的工作。在传统的手工管理方式中，由于人力、物力等客观因素的限制，不可避免地会在管理上存在着漏洞和不到位。随着计算机、信息技术的发展和广泛应用，学校管理的数字化和自动化研究与应用也逐渐深入。综观当前学校管理信息系统建设，有许多成功的经验值得总结，但也存在着不少问题需要进一步研究，需要采取新的策略，建立新的模式，不断地完善。
　　功能不够完善，子系统单薄。我们在使用学校管理信息系统时注意到，许多系统的功能比较单一，有的甚至只有学生管理、教师管理和系统维护等内容，或者仅包括教学计划管理、选课管理、排课管理、成绩管理、教师管理、教材管理等内容，不能够反映出教学管理的全部内容。比如，教学过程管理、实践教学管理、教学设备管理等内容很少涉及，不能够适时地反映出教室状态、教学进展、设备利用效率等。
　　综合程度不高，系统中数据共享性不强，模块间数据交换性差。到目前为止，仍然有不少学校在开发排课系统、选课系统、学籍管理系统等单一功能的管理信息系统，市场上也有这种系统销售。从局部利益来看，这种单一功能的管理系统价格不高，使用方便，管理维护技术不高，似乎很受工作人员的欢迎。但从全局的角度、发展的角度、网络的角度和自动化的角度来看，现在已经不适宜再进一步开发和使用这种不利于数据共享，不利于发展自动化处理功能的系统了。
　　数据挖掘能力不强。现行的大多数学校管理信息系统看到了计算机强大的记载、存储和可视化功能，但在自动化和智能化设计上却开发不够，网络利用的程度也仅限于实时传递的层面上。没有能够充分地挖掘系统内储存的科室信息、专业信息、教师信息、选课信息、成绩信息等基础数据，按照学校现代管理的需要提供咨询、决策参考的统计信息，其数据挖掘能力非常肤浅。
　　未能体现出数字化技术给学校管理带来的新教育理念、经营思想和管理模式。现行学校管理信息系统最突出的不足是：仅停留在用计算机代替传统手工书写、计算、显示、存储、打印的低层次应用上，未能体现出数字化技术给学校管理带来的质的变化，未能反映当前新的教育理念、经营思想和管理模式，仍然保持着传统管理方式过分注重结果的做法，没有充分利用数字技术所带来的自动功能，对于大量教学过程通过合理的设计，使其管理自动化，以及展示出数字化管理的真正的魅力所在。
　　在学校管理信息系统设计中，应该变“管理本位”为“教学本位”、变“管理”为“经营”、变“结果处理”为“过程监督”、变“评价”为“导向”。学校管理信息系统的设计不应该只是把学校现在的管理体制总结出来，转换成用数字技术来处理就算完成任务了，而应该从数字技术所提供的传统管理模式不能够做到的技术可能，认真深入地研究学校管理的深层需要，提供一种与传统管理模式有着本质差异的经营管理模式，即在现有人力资本的前提下，通过创造性工作，挖掘其潜力，从而实现未来发展的目标，使学校工作有一个质的飞跃，使系统成为促进师生发展的真正动力。