【摘 要】
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为快速准确地检测烟草叶面的细菌种群,本研究利用基因芯片技术,采集我国主要烟区主栽品种旺长期叶面微生物进行宏基因组测序,结合生物信息学分析方法,筛选用以检测其中细菌种
【机 构】
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重庆烟草科学研究所,家蚕基因组生物学国家重点实验室,重庆中烟工业有限责任公司技术中心
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为快速准确地检测烟草叶面的细菌种群,本研究利用基因芯片技术,采集我国主要烟区主栽品种旺长期叶面微生物进行宏基因组测序,结合生物信息学分析方法,筛选用以检测其中细菌种属特异性的探针。宏基因组数据分析表明,烟草叶面的宏基因组整体质量值较高,Q20、Q30分别占总碱基数99.2%、81.4%,测序长度为100 bp,碱基分布均匀,所获得测序数据可用于后续探针设计。Blast比对结果表明共筛选出候选探针200条,属于9种细菌属,其中属于假单胞菌属的探针有165条。该结果为基因芯片技术应用于烟草叶面的细菌种群的检测
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