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农业面源污染是一个动态的连续过程，它的发生机理主要包括三方面：第一是降雨径流过程；第二是土壤侵蚀过程；第三是污染物的迁移转化，而其模型研究能够定量描述整个面源污染发生的连续过程，但是各种模型也存在各自的局限。从农业面源污染的发生及其产生的后果来看，有三种途径可以进行控制，分别是源头控制、过程控制和末端控制，而这些对策还须从宏观着手，需多种学科间相互渗透研究、充分考虑治理对策对整个生态系统的利弊、结合实际应用情况来进一步探讨。