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林木、花卉遗传育种教育部重点实验室于2003年经教育部批准开始建设，实验室以原林业部“树木花卉遗传育种与生物工程开放性重点实验室”为基础，以北京林业大学为依托单位，以国家重点学科——林木遗传育种学科、园林植物与观赏园艺学科及部级重点学科——植物学科、博士点学科——生物化学与分子生物学科为支撑，经过几年建设，现已成为林业、花卉及生态环境领域科学研究与人才培养中心。