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[目的]比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况.[方法]对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究.[结果]中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高（99.8%）,同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低（99.5%）,中国菌系间ITS序列完全相同.ISSR标记表明,供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群.小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著,其余小种间无显著差异.小种分化与遗传分化不一定相符,C2小