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大学治理结构的实质是大学的权力配置及在此基础之上的权力运行。科学、合理的治理结构是保障大学正常运转的必要条件。就中国而言，大学外部治理的关键是厘清国家权力与大学自主权之间的关系，赋予大学发展所必需的独立权力；内部治理的关键是大学内部权力机构之间的分工与协调，政治权力、行政权力和学术权力，决策权、执行权和监督权之间应达成权力的平衡运行。在实践中，必须强化制度建设，明确规范党委和校长的权力范围，进而实现党政权力的合理运行。