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丙型肝炎病毒感染是导致慢性肝病的重要原因。目前研究认为，杀伤性T淋巴细胞倡导的细胞免疫可识别和清除病毒感染细胞．故对HCV的清除起重要作用。HCV感染早期T细胞反应的强度、表位特异性和细胞因子分泌情况等很可能将决定感染的预后。多项体外实验表明HVR1区的确存在中和性抗原表位，但宿主体液免疫对病毒缺乏有效的中和反应机制，不能形成稳定有效的保护性免疫。HCV与低密度脂蛋白（LDL）结合，可能抑制了或延迟了中和性抗体的产生。或阻止它们的作用，造成HCV的持续感染。HCV基因组高度变异性是其引起持续感染的直接原因