目的 研究漳州市常见食物中毒菌株的分子分型特征,分析菌株之间的同源性.方法 采用PCR法、脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型技术对漳州地区2016-2019年分离的沙门菌和副溶血性弧菌进行分型和进化关系分析.结果 21株沙门菌的5种毒力岛基因SPI-1、SPI-2、SPI-3、SPI-4、SPI-5均为阳性,脉冲场凝胶电泳分为9种带型,相似度为48.0％～100.0％,一起食物中毒的10个菌株聚为一种带型,而另一起食物中毒的5个菌株分为两种带型,多位点序列分型分为8种型别,ST11型10株均分离自同一起食物中毒,3株ST19型与2株ST34型分离自同一起食物中毒,ST155型2株,其余菌株为ST29、ST31、ST365、ST469各1株,引起食物中毒的ST11、ST19、ST34在国内外均有发生.51株副溶血性弧菌TDH毒力基因阳性18株,TRH毒力基因阳性1株,TLH基因阳性51株,脉冲场凝胶电泳分为39种带型,相似度为51.8％～100.0％,2017年一起食物中毒的7个菌株分为两种带型,两种菌型进化关系相距甚远,2018年一起食物中毒的5个菌株条带相同,多位点序列分型分为34种型别,ST3型11株,10株来源于3起食物中毒,1株来源于食品,ST345型6株来源于同一起食物中毒,ST345菌株引起的这起食物中毒中还分离出1株ST199型,二者的亲缘关系很远,引起食物中毒的ST3、ST345、ST199在国内外均有发生,其中优势型ST3是国内外普遍流行菌株.结论 引起漳州市食物中毒的沙门菌和副溶血性弧菌菌型在国内外均有发生,应加强对这些菌型的研究和控制.脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型均适用于食源性致病菌的遗传进化分析和分子溯源.