【摘 要】
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目的对影响ABI3500xl全自动测序仪测序过程的因素进行研究,以提高测序的准确度和成功率并降低成本。方法对PCR反应体系、产物纯化方法进行优化。将Big Dye分别稀释8、16和32
【机 构】
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国家食品安全风险评估中心 卫生部食品安全风险评估重点实验室;
【基金项目】
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863计划(No.2012AA101603)
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目的对影响ABI3500xl全自动测序仪测序过程的因素进行研究,以提高测序的准确度和成功率并降低成本。方法对PCR反应体系、产物纯化方法进行优化。将Big Dye分别稀释8、16和32倍进行测序PCR反应,比较不同的Big Dye稀释倍数对PCR产物测序结果的影响;使用CENTRI-SEP柱纯化法、Big Dye Cleaning Beads磁珠法和乙醇乙酸钠EDTA法对测序PCR产物进行纯化,比较不同纯化方法对测序结果的影响。结果 Big Dye稀释8倍和16倍时,PCR反应体系的测序结果正常,而稀释32倍时测序结果出现碱基误读;3种不同的测序PCR产物纯化方法均可得到满意的测序结果。相比之下,CENTRI-SEP Kit纯化方法所需时间最短(0.5 h),但是成本较高;乙醇乙酸钠EDTA纯化方法成本最低,但耗时较长(2 h);磁珠纯化法所需时间(1 h)和成本介于CENTRI-SEP Kit法和乙醇乙酸钠EDTA法之间,但不适于高通量操作。结论 ABI3500xl全自动测序仪测序过程中,Big Dye稀释16倍时所得测序结果准确且成本较低;3种测序PCR产物纯化方法均可得到准确的测序结果 ,实际工作中应根据操作者具备的实验条件选择最适纯化方法 ,以减少测序时间和成本。
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