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针对非粮原料，获得了高效利用生物质代谢生物能源菌株，确定了影响菌株正常生长和产物合成的主要代谢途径；从系统水平上解析了酿酒酵母对纤维素水解液中多种抑制剂在多个水平上的响应机制，在小分子代谢途径方面，发现了典型抑制剂耐受性相关的代谢物，解析微生物对抑制剂的响应机制和耐受策略。从生物信息学和代谢物组学水平解析了抗生素高效合成机制，并提出了生物质高效转化目标产物（如：漆酶、抗生素）的过程强化策略。鉴定了粗糙脉孢菌中生物质糖转运蛋白（CDT-1、CDT-2）和相关调控因子（hcr-1、hcr-2），解析了生理生化