近年来,我国政府持续投入大量资源对社会技术创新活动进行引导和支持,但这些公共科技资源的配置和使用效率及其对企业技术创新活动的影响仍不甚清晰,甚至受到一些质疑。为此,政府科技投入与企业技术创新效率之间关系的相关研究具有重要的理论和现实意义。本文以中国沪深两市制造业上市公司数据为基础,利用DEA—Tobit两阶段模型考察政府科技投入、企业研发支出以及二者交互作用对企业技术创新效率的影响,研究发现:(1)政府科技投入提高了企业技术创新产出水平,但对企业技术创新效率的影响不显著;(2)企业研发支出对其技术创新效率有显著的正向影响;(3)政府科技投入负向调节了企业研发支出与技术创新效率之间的关系,导致企业自身研发资源投入的效率损失,这种负向调节作用主要存在于非国有企业中;(4)市场化改革能够从一定程度上降低政府科技投入与企业研发支出交互作用对企业技术创新效率的负向影响。基于上述发现,应进一步推动市场化改革和公共科技资源投入与管理方式变革,使政府科技投入在充分发挥对社会技术创新引导和支持作用的同时,尽可能减少公共科技资源错配引致的企业技术创新效率损失。