随着学校事业快速发展，办学规模不断扩大，涉及领域越来越广，大学管理的专业化水平越来越高，迫切要求提升大学内部治理水平。从这个意义上说，没有一流的大学内部治理，就难有一流的大学。而如何健全大学内部治理结构？根本在于坚持和完善党委领导下的校长负责制，关键是要深化决策体系改革，构建重大问题决策的支撑体系，使决策建立在更加科学、更加民主、更加规范的基础上。
　　深化决策体系改革，必须充分发挥学术、群团、党派、咨询等各类组織的作用。深化决策体系改革，就是要通过一定的组织形式，充分发挥教授治学的作用，充分发挥师生员工参与民主管理的作用。具体来说，学术领域的事务要交给各类学术组织去审议、评定；涉及师生员工切身利益的重大问题要充分听取各类群团组织的意见，提交教代会审议和通过；一些专业性比较强的问题要充分听取各类咨询机构的意见；学校的重大发展规划、重大改革方案、重大决策举措，要广泛听取师生员工意见，加强与各党派各团体各组织的协商，着力构建一个科学民主的决策体系。
　　深化决策体系改革，必须有机制制度的保证。完善信息沟通机制，为师生员工参与学校民主管理创造条件；建立决策前期预研机制，围绕学校中长期发展规划的问题、事关发展全局的重大问题、改革发展中的热点难点问题，设立重点研究课题，从全局视野和专业视角开展可行性研究，提高决策的前瞻性、预见性。设立决策的前置机制，将调查研究、专题预研作为必经环节，最大限度地减少决策的随意性、盲目性。完善决策实施的跟踪机制，决策执行过程中及时听取各类组织的意见，及时发现存在的问题，及时调整纠错。完善决策实施的评估机制，一个阶段完成后，要对决策实施效果作全面评估，向各类组织反馈，不断提高民主管理、科学决策的水平。
　　深化决策体系改革，必须加强各类组织的建设。因此，需要遴选好人员，注重推荐思想品德好、公道正派、有事业心和责任感、有宽广视野和大局观念、有较高学术水平和群众威望、有较强议事能力的教职工参加到各类组织中；需要制定好章程，建立健全运行机制，完善议事规则和决策程序，强化内部监督和制约。只有调动起相关组织的积极性，有效发挥作用，学校发展才能真正建立在科学民主管理的基础之上，建立在贯彻党的群众路线基础之上，中国特色的现代大学治理体系才能不断完善。