活禽市场的家禽,特别是水禽在禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的演化、维持和扩散过程中起重要作用,因此对活禽市场进行长期不间断的流行病学监测非常重要。2016年10月至2017年9月,每月定期采集华东地区某活禽市场家禽喉头和泄殖腔棉拭子,并接种10日龄SPF鸡胚,测定鸡胚尿囊液HA效价,取阳性尿囊液进行HI试验分型,应用RT-PCR对该样品进行全基因PCR并测序,利用DNASTAR、MEGA6.0分析序列,并绘制系统发生树。结果共采集样品1 178份,来自127群,H9N2AIV阳性样品100份。从水禽中分离到H9N2AIV 7株,对7株病毒全基因组进行测序和遗传进化分析,不同基因片段均存在不同的遗传进化趋势。活禽市场水禽体内携带的7株H9N2AIV与当前家禽优势流行基因型一致,因此对活禽市场家禽中循环存在的AIV进行的定期监测,对了解潜在的流行株的演化和出现有重要作用。