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蒋介石在西安事变和平解决后，曾当面向周恩来表示，希望能在南京会商两党合作抗日的问题。为此，中共中央积极准备周恩来的南京之行。此时，恰逢发生张学良南京被扣的事件，中共中央不得不推迟了周恩来的行程。但是，中共中央仍对国共和谈寄以希望，除改派潘汉年前往南京外，还明确地表明：“周暂难分身，一俟大局略定，即可出见蒋。”“共产党在对内和平、对外抗战基础上全力赞助蒋。”
表示“贺案是我们所否认的，两党合作抗日不会因此而发生动摇”
1937年2月8日，也就是蒋介石离开西安回到南京的1个多月的时间，他即委派西安行营主任兼第一集团军总司令顾祝同为全权代表，后来又增派张冲和贺衷寒，参与在西安举行的与周恩来的谈判。中共中央后来也增派叶剑英参与谈判。初次会谈，气氛是融洽的，顾祝同允诺，红军可以在西安设立办事处。周恩来根据张闻天、毛泽东的指示，在谈判中提出，将红军编制为12个师4个军。4个军编成一路军，设正副总司令，由朱德、彭德怀担任；军饷按中央军待遇，或先每月接济80至100万元；如成立国防委员会，红军应派代表参加；国民党保证不逮捕中共党员，不破坏中共组织，保证中共对红军的领导。
周恩来还将中共中央致国民党五届三中全会电交予顾祝同，希望国共两党能再次合作，共赴国难，双方的会谈虽然仍有分歧，但却都开诚布公，各自阐明这样的立场：
（一）中共承认国民党在全国的领导，停止武装暴动及没收地主土地，实行御侮救亡的统一纲领。国民政府分期释放政治犯，对中共党员、中共组织不再逮捕、破坏，允许中共适时公开。（二）取消苏维埃制度，改为中华民国特区政府，受国民政府指导，实施普选制。（三）红军改编为国民革命军，接受国民政府军委会和蒋介石的统一指挥和领导。其他边区部队改为地方团队。（四）中共派代表参加国民会议，军队派代表参加国防会议。（五）希望国民党三中全会对中共提出的和平统一、团结御侮及容许民主自由的主张有进一步的表示。
国民党五届三中全会后，与会的张冲又要回西安参加谈判，临行前，蒋介石召见张冲并交了底牌：共产党要等《宪法》公布后公开；特别区恐怕中央的法令不能容；红军可以改编为3师9团，不可再加。张冲回到西安，向周恩来转述了蒋介石的意见，并介绍国民党五届三中全会的情况，周恩来对会议通过的《关于根绝赤祸之决议案》表示遗憾，保留将来声明的权利。他还告诉张冲：中共目前无意参加政府，只要求参加国防机关。
在1个月内，周恩来与张冲会谈6次。他还利用自己曾是黄埔军校政治部主任的身份，多次与黄埔学生谈话，并请中央派曾是黄埔一期生的陈赓来西安，同做黄埔系的工作，以利国共和谈的顺利进行。谈判中，张冲的态度是友善而又积极的，他提出红军主力可编为4个师16个团，另编2个徒手工兵师，共6万人。为使和谈能达到预期的目的，他建议中共通过在苏联的蒋经国做蒋介石的工作。
当张冲的意见传递到延安，张闻天、毛泽东即拍来电报，同意红军的改编意见，指出，现在谈判的中心内容是：中共“在南京政府下取得合法地位，使全国各方面的工作得以开始”。蒋介石却否决了张冲的意见，只允许红军改编为3个师9个团。中共中央书记处在研究了蒋介石的意见后，给周恩来指示，谈判中仍以4个师为基准，如果蒋介石执意“坚持3个师时，亦只得照办”，以表现合作的诚意。3月8日，周恩来、叶剑英和顾祝同、张冲、贺衷寒再次坐下来，共同商讨形成一个总结性的条文，并决定由周恩来负责文字的起草，这便是《三八协议》，其主要内容是：
（一）中国共产党承认服从三民主义的国家和国民党的领导地位，彻底取消暴动政策和没收地主土地政策，停止赤化运动；国民政府分批释放监禁中的中共党员，容许共产党在适当时期内公开。
（二）取消苏维埃政府及其制度，将目前红军驻在地区改为陕甘宁行政区，执行国民政府统一法令与民选制度，其行政人员经民选推荐，由国民政府任命；行政经费由行政院及省政府规定。
（三）红军取消，改编为国民革命军，服从国民政府军事委员会及蒋介石的统一指挥，其编制人员、给养及补充与国民党同等待遇，其各级人员由自己推荐，呈报军委会任命，政训工作由军委会派人联络；将红军中最精壮者编为3个国防师，计6旅12团及其他直属之工、炮、通信、辎重等部队，在3个国防师上设某路军总指挥部；将红军的地方部队改编为地方民团或保安队；红军学校办完本期后结束；此外，在河西走廊令马步芳、马步青部停止对红军西路军的进攻。
可是，贺衷寒对这个协议所作的修改，无疑改变了协议的内容，这便是：红军改编为3个师后，每师只能有1万人，共3万人；政训人员由南京政府派人参加，各级的副职也由南京政府委派，取消“民选制度”，改“民选推荐”为“地方推荐”；甚至删去协议中的停止攻击红军西路军的条款等等。
周恩来一针见血地指出，贺衷寒是要以红军西路军困陷河西地区而“束缚我们”、“胁迫我们”。认为在西安与顾、贺继续谈判，已经没有实际价值，要求直接与蒋介石面谈，以期问题的根本解决。3月13日晚，周恩来会见张冲，要求将《三八协议》直接送达蒋介石，并表示：贺案是我们所否认的，但是，两党合作抗日和拥护蒋委员长的方针，不会因贺案而发生动摇。
强调“不能以‘招降’、‘收编’等诬蔑中共武装力量”
蒋介石答应与周恩来在杭州会谈，在前往杭州途经上海时，周恩来乘便与宋美龄会晤，请她将中共中央书记处关于谈判的“十五条意见”转交蒋介石。一到杭州，周恩来便在潘汉年的陪同下，与蒋介石进行谈判。周恩来首先阐明，维护民族解放、民主自由、民生改善，是中共的原则立场。强调不能以“招降”、“收编”等，诬蔑中共武装力量。谈话重申中共“十五项谈判条件”，并提出几点具体的要求：
（一）陕甘宁边区成为整个行政区，不能分割；（二）红军改编后人数须达4万多人；（三）3个师上必须设总指挥部；（四）国民党不能派遣副佐及政训人员；（五）红军学校必须办完本期；（六）红军防地须增加。
听完周恩来的讲话，蒋介石的态度极为温和，他说，中共有民族意识、革命精神，是新生力量，几个月的和平运动影响很好。他还说，国共由于分家，致使十年革命失败，造成军阀割据和帝国主义者占领中国的局面，国共两党要各自检查过去的错误。他还指出，希望这次合作是永久的，即便他死后，也不要分裂，免得因内乱造成英、日联合瓜分中国，因此，要商量一个永久合作的办法。
在谈到合作的具体问题时，蒋介石的口气也比较爽快，他说，这些都是小节，容易解决。中共在几个月后便可参加国民大会、国防会议；陕甘宁行政可以是整个的，由中共推荐南京政府方面的人任正职，中共派人任副职；红军改编为3个师，4万多人，可以设总指挥部；决不派人破坏中共的部队；粮食接济定额设法解决。最后，蒋介石提到永久合作应有一个有效的办法。周恩来表示制定共同纲领是最好的办法。蒋介石同意并要周恩来立刻回延安，希望中共议出一个共同纲领。
周恩来的杭州之行是有成效的，不管怎么说，蒋介石总算在口头上答应红军能有4万多人，承诺陕甘宁为一个统一的行政区。3月30日，周恩来携带同蒋介石联系的密电码返回延安。中共中央政治局立刻召开会议，听取周恩来所作杭州谈判的报告，针对蒋介石的提议，决定在《抗日救国十大纲领》和《国民党一大宣言》的基础上，起草一个永久合作的民族统一战线纲领。国共两党及各党派在这个纲领下，成立包括国共两党、各党派及政治团体的民族同盟，并共同推举蒋介石为领袖。会议期间，周恩来致电蒋介石：“归肤施（即延安）后述及先生合作诚意，均极兴奋，现党中央正开会计议纲领及如何与先生永久合作问题。”
这时，由于中共中央与斯大林的交涉，蒋经国已从苏联回国，分别多年的蒋氏父子得以团聚，多少给进行中的国共谈判增添了有利的因素。周恩来抓住这一时机，给在西安的叶剑英拍去电报，指示李克农与张冲同去上海，面见蒋经国，让他从中影响蒋介石。
中共中央政治局于4月20日召开会议，就制订民族统一战线纲领、修改国民大会组织法和选举法等问题，进行了认真、慎重的讨论。会上讨论了由吴亮平起草的《御侮救亡复兴中国的民族统一纲领（草案）》。周恩来就纲领的细则作了详细说明，指出：统一战线必须承认中共的独立性、国际性和阶级性三原则。统一战线的原则是：以共同纲领为行动的准则；建立联合组织；在蒋介石承认此纲领的条件下，中共可承认他为领袖。关于联盟的组织原则：凡各党派、各革命团体均可参加；联盟中保持各组织独立性，允许自由退盟等。
在延安的3个星期，中央政治局连连开会，就下一步谈判的原则、策略，进行了认真准备。25日，周恩来等乘大卡车赴西安，准备南下再次与蒋介石会谈。途经甘泉劳山附近，突遭土匪伏击，随行人员中，延安卫戍司令部参谋长兼周恩来随从副官陈友才、警卫队副队长陈国桥等在战斗中牺牲。周恩来等突围返回延安的第二天，就改乘飞机抵达西安。到达西安后，便与顾祝同、张冲等交换了意见。顾祝同答应可将红军经费、给养，包括西路军被俘人员的衣被等问题，直接向蒋介石请示。
指出“朱德的去留影响极大，请向蒋进言，朱不离军队”
周恩来于6月4日上了庐山，此时，蒋介石正在庐山筹办暑期训练团，从8日到15日，他们进行多次交谈，宋美龄、张冲也在座。周恩来首先将《御侮救亡复兴中国的民族统一纲领（草案）》交与蒋介石。周恩来发现，蒋介石虽然没有推翻杭州会谈，但是却增加了一些附加条件，使谈判难以进行下去。更让周恩来始料不及的是，蒋介石竟另外提出成立“国民革命同盟会”的主张，故伎重演，还想将共产党溶化于国民党之中。其具体内容是：
一、成立国民革命同盟会，由蒋指定国民党的干部若干人，共产党推出同等数量之干部合组之。蒋为主席，有最后决定之权。
二、两党一切对外行动及宣传，统由同盟会讨论决定，然后执行。关于纲领问题，亦由同盟会加以讨论。
三、同盟会在进行顺利后，将来视情况许可扩大为国共两党合组之党。
四、同盟会在进行顺利后，可与第三国际发生代替共产党关系，并由此坚定联俄政策，形成民族国家之联合。
蒋介石费尽心机，又提出：先由中共发表宣言，国民政府即公布红军3个师的番号，人数为45000人；他推翻了杭州谈判时的许诺，3个师以上不设总司令部，而改为“设政治训练处指挥之”，并且要求毛泽东、朱德离开红军，出国考察；对于陕甘宁边区政府，仍然坚持中共推荐国民政府方面的人任正职，“边区自己推举副的”；至于南方游击队问题，他提出应由中共联络，然后“实行编遣，其首领须离开”；对杭州所谈“允许共党适时公开”，则矢口不谈，只是说中共可以派代表参加国民大会，但又“不以共党名义出席”。
周恩来深知蒋之为人，也是有备而来，他有针对性地回答：所提成立国民革命同盟会组织，事关重大，必须请示中共中央后，才能作出决定；红军改编后不应设立政治训练处，而应设总司令部或总指挥部；边区政府的人事安排也是很不合理的。周恩来还同宋子文、宋美龄等会谈，陈述红军改编后，3个师以上的统帅机关应以军事名义，而不能以“政训处”代替。这些带有根本性的原则问题，周恩来与蒋介石争执很大，分歧很深，虽经宋子文、宋美龄、张冲等往返磋商，蒋介石仍然固执己见，谈判自然难以进行。
国共谈判中，最棘手的问题是改编后的红军指挥部。蒋介石设想，红军改编后，国民政府将设所谓政训处，以取代军事指挥部，并将毛泽东、朱德派出国外考察，所谓“改编”也就真正成为“收编”。6月22日，周恩来致电蒋介石，专门谈及军事指挥机关的问题，表示中共可以再次让步，改编后的红军可以政治机关名义指挥，但是，朱德应为这个机关的主任。时下，朱德不能离去，红军倘若改编，将有许多工作要做。同时，他告诉顾祝同、张冲：“朱德的去留影响极大，请向蒋进言，朱不离军队。”
蒋介石决定召开庐山谈话会，邀请社会各界名流共商国是。6月26日，南京方面来电催周恩来再上庐山，继续谈判。不几日，南京方面又给延安来电，算是给周恩来致蒋介石电的回复：红军改编后只能设政训处。中共中央为第四次谈判做了认真的准备，让周恩来负责起草国共《两党关系调整方案》，这个方案提出：国民革命同盟会可负责调整两党关系，决定两党共同行动事项，但不能干涉两党内部事务，两党均须遵守共同纲领，但两党又均保留各自的组织独立性及政治批评和讨论的自由权。7月4日，周恩来和博古、林伯渠到西安。7日，他们飞抵上海，也就是这天，震惊世界的“卢沟桥事变”发生。13日，他们到达庐山，立即将《中国共产党为公布国共合作宣言》交于蒋介石，表明重开谈判的诚意和务实的态度。
声明“蒋对红军改编后指挥与人事的意见，我党决不能接受”
蒋介石的庐山谈话会，所邀各界名流都有一席之地，却惟独将中共晾在一边。上次庐山谈判时，蒋介石提出中共应先发表宣言，可是，当《中国共产党为公布国共合作宣言》送达时，蒋介石又予以刁难，以修改其中的一些内容为借口，不愿公开发表这个宣言。周恩来后来回忆说：“我们带去起草好的宣言，他要动手改两句，那时候我们还客气，同意他修改了两点。但修改了他也不发表，总想把‘共产党合法’这一点抹杀掉。”尽管如此，中共中央仍把民族的利益置于至高无尚的地位，表示“愿在蒋指挥下努力抗战，红军主力准备随时出动抗日，已令各军10天内准备完毕，待令出动，同意担任平绥国防。”
蒋介石推翻了上次庐山谈话的内容，提出红军改编后，“各师须直隶行营，政治机关只管联络”，再也不提3个师以上的政治机关可以代行指挥权了。第二天，周恩来致函蒋介石：“华北炮火正浓，国内问题更应迅速解决，其急者为苏区改制与红军改编之具体实施。”同时明确指出，蒋介石的意见和态度与上次庐山谈判，“出入甚大，不仅事难做通”，而且，“恐碍此后各事之进行”。
谈判又成僵持局面，中共中央考虑到全民抗战形势的来之不易，仍是顾全大局，求同存异，张闻天、毛泽东来电指示：“为大局计，可承认平时指挥人事等之政治处制度，请要求设正副主任，朱正彭副。但战时不能不设指挥部，以资统帅。”周恩来根据这一精神，就谈判的问题草拟出“十二条意见”，通过宋美龄转交给蒋介石。这些意见的内容归纳起来是：
国民党中央公开表明赞同《中国共产党为公布国共合作宣言》，各报刊可公开发表；迅速发表陕甘宁政府名义，从张继、宋子文、于右任三人中择一人担任正职，由林伯渠任副职，其范围包括现在所辖18县，其疆界请国民政府行政院和边区政府划定；国共双方派人分赴鄂豫皖、闽浙赣、闽粤赣、湘鄂赣等地联络与传达国共合作方针，对南方红军游击队实行改编；允许中共在延安出版的《解放》周刊在全国发行；红军改编的具体意见。
蒋介石对周恩来的意见没有任何回应的表示，还是坚持红军改编后不设统一的军事指挥机关，3个师的管理直属行营；3个师的参谋长由南京派遣；政治主任只能转达人事、指挥，可以由周恩来为主任、毛泽东为副主任。如果按照蒋介石的如意算盘，红军改编后没有统一的军事指挥机关，一切听命于蒋的“行营”，那么，红军就必然会发生质的变化，再也不是中共领导的武装队伍了。如此心怀叵测，周恩来当即严正声明：蒋对红军改编后的指挥与人事的意见，我党决不能接受。谈判再次陷入僵局，周恩来等离开庐山到达上海。
周恩来在上海注意到华北局势日益危急，致电张闻天、毛泽东，建议红军改编的工作应先行开展，不管形势如何变化，须“立即自行改编三个方面军、六个单位的统一组织，每个方面军编足15000人，独立军、师都编入，加强干部，使各方面军都能独立工作。”7月27日，周恩来到达西安，蒋鼎文当即传达蒋介石的口信：红军迅速改编，出动抗日。针对蒋介石的催促，周恩来让蒋鼎文转告蒋介石：红军同意改编，同意开拔，但是国民党应立即发表《中国共产党为公布国共合作宣言》。
回到延安，周恩来参加中央关于红军改编出动抗日的会议，决定：立即争取西安行营的同意，将红军集中三原改编，编足45000人，3个师以上设总指挥部（将来可让步为军部），朱德任正职，彭德怀任副职。7月29、30日，北平、天津相继沦陷，形势急转直下，民族危亡迫在眉睫，红军改编已是刻不容缓。周恩来和博古立即赶赴云阳镇，出席红军前敌总指挥部召开的红军高级干部会议，共议红军改编、出动抗日的问题。
就在此时，叶剑英从西安拍来电报，告诉周恩来，桂系将领李宗仁、白崇禧，川军将领刘湘将去南京，出席国民政府军事委员会召开的国防会议。蒋介石、李宗仁这对生死冤家，都能坐在一起共议危亡之局，真可谓“兄弟阋于墙，外御其务”。周恩来料想中共也将被邀参加会议。果然，8月1日，毛泽东转来张冲的急电：蒋介石密邀毛泽东、朱德、周恩来速至南京共商国防问题。停顿下来的国共谈判，似又峰回路转，柳暗花明。
蒋介石同意八路军充任战略游击队，执行侧面战，协助友军
周恩来赴南京前，对谈判做了认真的准备，8月4日，他和朱德、博古、林伯渠、彭德怀、任弼时认真研究和讨论后，向中央提出《关于全国对日抗战及红军参战问题的意见》和《关于红军主力出去抗战的意见》。张闻天、毛泽东立即复电，指出，红军担负的是“独立自主的游击运动战，钳制敌人大部分，消灭敌人一部”，“在一定地区内协助正面友军作战”，遵循“按情况使用兵力的原则，在此原则下，承认开拔兵力”。陕甘是我们惟一可靠的后方。
大敌当前，国民党也对共产党表现出一定的善意，周恩来和朱德等来到西安后，得知尚有红军西路军的1000多名被俘人员羁押，便立即往西安行营，直接同蒋鼎文交涉，要求予以释放。当天，便有30名西路军干部获释，接着又有210多人获释。这是一个良好的开端，周恩来怀着希望和信心，9日，同朱德、叶剑英飞抵南京。在南京期间，周恩来、朱德和叶剑英活动频繁，多次与冯玉祥、白崇禧、刘湘和龙云等会晤，处于秘密状态的共产党，在经历10年风雨后，终于得以公开活动。
在国民政府军政谈话会上，周恩来再次阐明中共中央关于对日抗战的方针意见，指出，当前战争中，必须培养出可以独立持久抗战的能力。在正面防御上，不可以停顿于一线及数线的阵地，而应当由阵地战转为平原与山地的扩大运动战。另一方面，则要采取游击战。朱德也作了发言。他们的意见获得与会者的好评，对于国民政府制定全国抗战的战略方针，产生了积极的影响。可是，在讨论国共合作的具体问题上，蒋介石仍然骨头里挑刺，提出种种非议，7月间就交与的《中国共产党为公布国共合作宣言》，他一直不予发布，当周恩来重提此事时，他让康泽出面对周恩来说，中共的宣言不宜提“民主”，应一律改为“民用”；要取消对民族、民权、民生的解释；不同意提同国民党获得谅解而共赴国难等。
就在康泽与周恩来会谈的第二天，日军突然发动对上海的大规模进攻，上海军民奋起抵抗，“八·一三”淞沪抗战爆发，战火正向国民政府所在地南京蔓延。蒋介石措手不及，心中的那点侥幸彻底破灭，下决心与日本决战。周恩来紧紧把握时机，立即向中共中央请示，在将要进行的谈判中，我们应努力达到：（一）努力抗战，以巩固蒋介石的抗战决心；（二）红军立即改编，争取开动；（三）力争发表《中国共产党为公布国共合作宣言》；（四）催促发表正副总指挥。
真是“中华民族到了最危险的时候”，蒋介石再也没有理由不同意中共的条件，国共谈判中久拖不决的问题终于得到落实。18日，红军改编为国民革命军第八路军，设立总指挥部，下辖3个师，任命朱德、彭德怀为正副总指挥。军队中的一切职务包括“各级之副，自副师长到副排长人员”，都由中共自行配备，国民政府只派联络参谋。9月22日，国民党中央通讯社正式播发《中国共产党为公布国共合作宣言》。
根据中共中央书记处的指示，周恩来多次与国民党谈判，强调八路军可以充任战略的游击支队，在总的战略方针下进行独立自主的游击战争。蒋介石、何应钦同意八路军充任战略游击支队，执行侧面战，协助友军，扰乱与钳制日军大部并消灭一部分的作战任务。八路军的战略任务确定后，周恩来和叶剑英立即致电毛泽东等，部队仍以迅速开拔为有利，提议：“至少应以一个旅为先遣部队，先行东进。”毛泽东当日复电彭德怀、任弼时：“同意恩来提议。”红一军团为先遣部队，即日出动。自8月下旬起，八路军3个师的主力陆续由韩城等处东渡黄河，经同蒲铁路开赴抗日前线。
红军主力的改编刚一落实，周恩来便考虑与蒋介石讨论南方红军游击队的改编和中共合法机构的问题。何应钦代表蒋介石同周恩来具体商谈，何应钦同意中共派人到南方各游击区，传达中共中央指示和协助红军游击队改编为国民革命军新编第四军。
还是在西安谈判时，顾祝同便同意中共在西安设立办事处。卢沟桥事变后，阎锡山也允许中共在太原设立办事处。这次通过与蒋介石等的谈判，国民党允许在南京、上海等地设立中共代表团和八路军办事处。后来，又在武汉、长沙、兰州等地设立中共代表团办事处、八路军办事处、新四军通讯处等。
谈判中，周恩来强烈要求国民党释放被关押的共产党员。8月18日，他和叶剑英到“首都反省院”看望被捕的中共党员，经过反复交涉，当天，夏之栩、熊天荆、王根英获释。随后，陶铸、钱瑛、刘宁一、帅孟奇、张琴秋等也获释。
早在庐山谈判时就提出的中共在南京公开出版发行《新华日报》的要求，也在这次收到国民党中央宣传部的批文。周恩来十分高兴，立即和朱德前往拜望国民党元老、监察院院长于右任，请他为《新华日报》题写报名，于右任欣然应允。
南京谈判历时10多天，一些根本问题都已解决，第二次国共合作的局面已然形成。8月21日，周恩来参加将在洛川召开的政治局扩大会议，离开南京前往西安，谈判中的未竟事宜，交与叶剑英等继续谈判和交涉。文
表示“贺案是我们所否认的，两党合作抗日不会因此而发生动摇”
1937年2月8日，也就是蒋介石离开西安回到南京的1个多月的时间，他即委派西安行营主任兼第一集团军总司令顾祝同为全权代表，后来又增派张冲和贺衷寒，参与在西安举行的与周恩来的谈判。中共中央后来也增派叶剑英参与谈判。初次会谈，气氛是融洽的，顾祝同允诺，红军可以在西安设立办事处。周恩来根据张闻天、毛泽东的指示，在谈判中提出，将红军编制为12个师4个军。4个军编成一路军，设正副总司令，由朱德、彭德怀担任；军饷按中央军待遇，或先每月接济80至100万元；如成立国防委员会，红军应派代表参加；国民党保证不逮捕中共党员，不破坏中共组织，保证中共对红军的领导。
周恩来还将中共中央致国民党五届三中全会电交予顾祝同，希望国共两党能再次合作，共赴国难，双方的会谈虽然仍有分歧，但却都开诚布公，各自阐明这样的立场：
（一）中共承认国民党在全国的领导，停止武装暴动及没收地主土地，实行御侮救亡的统一纲领。国民政府分期释放政治犯，对中共党员、中共组织不再逮捕、破坏，允许中共适时公开。（二）取消苏维埃制度，改为中华民国特区政府，受国民政府指导，实施普选制。（三）红军改编为国民革命军，接受国民政府军委会和蒋介石的统一指挥和领导。其他边区部队改为地方团队。（四）中共派代表参加国民会议，军队派代表参加国防会议。（五）希望国民党三中全会对中共提出的和平统一、团结御侮及容许民主自由的主张有进一步的表示。
国民党五届三中全会后，与会的张冲又要回西安参加谈判，临行前，蒋介石召见张冲并交了底牌：共产党要等《宪法》公布后公开；特别区恐怕中央的法令不能容；红军可以改编为3师9团，不可再加。张冲回到西安，向周恩来转述了蒋介石的意见，并介绍国民党五届三中全会的情况，周恩来对会议通过的《关于根绝赤祸之决议案》表示遗憾，保留将来声明的权利。他还告诉张冲：中共目前无意参加政府，只要求参加国防机关。
在1个月内，周恩来与张冲会谈6次。他还利用自己曾是黄埔军校政治部主任的身份，多次与黄埔学生谈话，并请中央派曾是黄埔一期生的陈赓来西安，同做黄埔系的工作，以利国共和谈的顺利进行。谈判中，张冲的态度是友善而又积极的，他提出红军主力可编为4个师16个团，另编2个徒手工兵师，共6万人。为使和谈能达到预期的目的，他建议中共通过在苏联的蒋经国做蒋介石的工作。
当张冲的意见传递到延安，张闻天、毛泽东即拍来电报，同意红军的改编意见，指出，现在谈判的中心内容是：中共“在南京政府下取得合法地位，使全国各方面的工作得以开始”。蒋介石却否决了张冲的意见，只允许红军改编为3个师9个团。中共中央书记处在研究了蒋介石的意见后，给周恩来指示，谈判中仍以4个师为基准，如果蒋介石执意“坚持3个师时，亦只得照办”，以表现合作的诚意。3月8日，周恩来、叶剑英和顾祝同、张冲、贺衷寒再次坐下来，共同商讨形成一个总结性的条文，并决定由周恩来负责文字的起草，这便是《三八协议》，其主要内容是：
（一）中国共产党承认服从三民主义的国家和国民党的领导地位，彻底取消暴动政策和没收地主土地政策，停止赤化运动；国民政府分批释放监禁中的中共党员，容许共产党在适当时期内公开。
（二）取消苏维埃政府及其制度，将目前红军驻在地区改为陕甘宁行政区，执行国民政府统一法令与民选制度，其行政人员经民选推荐，由国民政府任命；行政经费由行政院及省政府规定。
（三）红军取消，改编为国民革命军，服从国民政府军事委员会及蒋介石的统一指挥，其编制人员、给养及补充与国民党同等待遇，其各级人员由自己推荐，呈报军委会任命，政训工作由军委会派人联络；将红军中最精壮者编为3个国防师，计6旅12团及其他直属之工、炮、通信、辎重等部队，在3个国防师上设某路军总指挥部；将红军的地方部队改编为地方民团或保安队；红军学校办完本期后结束；此外，在河西走廊令马步芳、马步青部停止对红军西路军的进攻。
可是，贺衷寒对这个协议所作的修改，无疑改变了协议的内容，这便是：红军改编为3个师后，每师只能有1万人，共3万人；政训人员由南京政府派人参加，各级的副职也由南京政府委派，取消“民选制度”，改“民选推荐”为“地方推荐”；甚至删去协议中的停止攻击红军西路军的条款等等。
周恩来一针见血地指出，贺衷寒是要以红军西路军困陷河西地区而“束缚我们”、“胁迫我们”。认为在西安与顾、贺继续谈判，已经没有实际价值，要求直接与蒋介石面谈，以期问题的根本解决。3月13日晚，周恩来会见张冲，要求将《三八协议》直接送达蒋介石，并表示：贺案是我们所否认的，但是，两党合作抗日和拥护蒋委员长的方针，不会因贺案而发生动摇。
强调“不能以‘招降’、‘收编’等诬蔑中共武装力量”
蒋介石答应与周恩来在杭州会谈，在前往杭州途经上海时，周恩来乘便与宋美龄会晤，请她将中共中央书记处关于谈判的“十五条意见”转交蒋介石。一到杭州，周恩来便在潘汉年的陪同下，与蒋介石进行谈判。周恩来首先阐明，维护民族解放、民主自由、民生改善，是中共的原则立场。强调不能以“招降”、“收编”等，诬蔑中共武装力量。谈话重申中共“十五项谈判条件”，并提出几点具体的要求：
（一）陕甘宁边区成为整个行政区，不能分割；（二）红军改编后人数须达4万多人；（三）3个师上必须设总指挥部；（四）国民党不能派遣副佐及政训人员；（五）红军学校必须办完本期；（六）红军防地须增加。
听完周恩来的讲话，蒋介石的态度极为温和，他说，中共有民族意识、革命精神，是新生力量，几个月的和平运动影响很好。他还说，国共由于分家，致使十年革命失败，造成军阀割据和帝国主义者占领中国的局面，国共两党要各自检查过去的错误。他还指出，希望这次合作是永久的，即便他死后，也不要分裂，免得因内乱造成英、日联合瓜分中国，因此，要商量一个永久合作的办法。
在谈到合作的具体问题时，蒋介石的口气也比较爽快，他说，这些都是小节，容易解决。中共在几个月后便可参加国民大会、国防会议；陕甘宁行政可以是整个的，由中共推荐南京政府方面的人任正职，中共派人任副职；红军改编为3个师，4万多人，可以设总指挥部；决不派人破坏中共的部队；粮食接济定额设法解决。最后，蒋介石提到永久合作应有一个有效的办法。周恩来表示制定共同纲领是最好的办法。蒋介石同意并要周恩来立刻回延安，希望中共议出一个共同纲领。
周恩来的杭州之行是有成效的，不管怎么说，蒋介石总算在口头上答应红军能有4万多人，承诺陕甘宁为一个统一的行政区。3月30日，周恩来携带同蒋介石联系的密电码返回延安。中共中央政治局立刻召开会议，听取周恩来所作杭州谈判的报告，针对蒋介石的提议，决定在《抗日救国十大纲领》和《国民党一大宣言》的基础上，起草一个永久合作的民族统一战线纲领。国共两党及各党派在这个纲领下，成立包括国共两党、各党派及政治团体的民族同盟，并共同推举蒋介石为领袖。会议期间，周恩来致电蒋介石：“归肤施（即延安）后述及先生合作诚意，均极兴奋，现党中央正开会计议纲领及如何与先生永久合作问题。”
这时，由于中共中央与斯大林的交涉，蒋经国已从苏联回国，分别多年的蒋氏父子得以团聚，多少给进行中的国共谈判增添了有利的因素。周恩来抓住这一时机，给在西安的叶剑英拍去电报，指示李克农与张冲同去上海，面见蒋经国，让他从中影响蒋介石。
中共中央政治局于4月20日召开会议，就制订民族统一战线纲领、修改国民大会组织法和选举法等问题，进行了认真、慎重的讨论。会上讨论了由吴亮平起草的《御侮救亡复兴中国的民族统一纲领（草案）》。周恩来就纲领的细则作了详细说明，指出：统一战线必须承认中共的独立性、国际性和阶级性三原则。统一战线的原则是：以共同纲领为行动的准则；建立联合组织；在蒋介石承认此纲领的条件下，中共可承认他为领袖。关于联盟的组织原则：凡各党派、各革命团体均可参加；联盟中保持各组织独立性，允许自由退盟等。
在延安的3个星期，中央政治局连连开会，就下一步谈判的原则、策略，进行了认真准备。25日，周恩来等乘大卡车赴西安，准备南下再次与蒋介石会谈。途经甘泉劳山附近，突遭土匪伏击，随行人员中，延安卫戍司令部参谋长兼周恩来随从副官陈友才、警卫队副队长陈国桥等在战斗中牺牲。周恩来等突围返回延安的第二天，就改乘飞机抵达西安。到达西安后，便与顾祝同、张冲等交换了意见。顾祝同答应可将红军经费、给养，包括西路军被俘人员的衣被等问题，直接向蒋介石请示。
指出“朱德的去留影响极大，请向蒋进言，朱不离军队”
周恩来于6月4日上了庐山，此时，蒋介石正在庐山筹办暑期训练团，从8日到15日，他们进行多次交谈，宋美龄、张冲也在座。周恩来首先将《御侮救亡复兴中国的民族统一纲领（草案）》交与蒋介石。周恩来发现，蒋介石虽然没有推翻杭州会谈，但是却增加了一些附加条件，使谈判难以进行下去。更让周恩来始料不及的是，蒋介石竟另外提出成立“国民革命同盟会”的主张，故伎重演，还想将共产党溶化于国民党之中。其具体内容是：
一、成立国民革命同盟会，由蒋指定国民党的干部若干人，共产党推出同等数量之干部合组之。蒋为主席，有最后决定之权。
二、两党一切对外行动及宣传，统由同盟会讨论决定，然后执行。关于纲领问题，亦由同盟会加以讨论。
三、同盟会在进行顺利后，将来视情况许可扩大为国共两党合组之党。
四、同盟会在进行顺利后，可与第三国际发生代替共产党关系，并由此坚定联俄政策，形成民族国家之联合。
蒋介石费尽心机，又提出：先由中共发表宣言，国民政府即公布红军3个师的番号，人数为45000人；他推翻了杭州谈判时的许诺，3个师以上不设总司令部，而改为“设政治训练处指挥之”，并且要求毛泽东、朱德离开红军，出国考察；对于陕甘宁边区政府，仍然坚持中共推荐国民政府方面的人任正职，“边区自己推举副的”；至于南方游击队问题，他提出应由中共联络，然后“实行编遣，其首领须离开”；对杭州所谈“允许共党适时公开”，则矢口不谈，只是说中共可以派代表参加国民大会，但又“不以共党名义出席”。
周恩来深知蒋之为人，也是有备而来，他有针对性地回答：所提成立国民革命同盟会组织，事关重大，必须请示中共中央后，才能作出决定；红军改编后不应设立政治训练处，而应设总司令部或总指挥部；边区政府的人事安排也是很不合理的。周恩来还同宋子文、宋美龄等会谈，陈述红军改编后，3个师以上的统帅机关应以军事名义，而不能以“政训处”代替。这些带有根本性的原则问题，周恩来与蒋介石争执很大，分歧很深，虽经宋子文、宋美龄、张冲等往返磋商，蒋介石仍然固执己见，谈判自然难以进行。
国共谈判中，最棘手的问题是改编后的红军指挥部。蒋介石设想，红军改编后，国民政府将设所谓政训处，以取代军事指挥部，并将毛泽东、朱德派出国外考察，所谓“改编”也就真正成为“收编”。6月22日，周恩来致电蒋介石，专门谈及军事指挥机关的问题，表示中共可以再次让步，改编后的红军可以政治机关名义指挥，但是，朱德应为这个机关的主任。时下，朱德不能离去，红军倘若改编，将有许多工作要做。同时，他告诉顾祝同、张冲：“朱德的去留影响极大，请向蒋进言，朱不离军队。”
蒋介石决定召开庐山谈话会，邀请社会各界名流共商国是。6月26日，南京方面来电催周恩来再上庐山，继续谈判。不几日，南京方面又给延安来电，算是给周恩来致蒋介石电的回复：红军改编后只能设政训处。中共中央为第四次谈判做了认真的准备，让周恩来负责起草国共《两党关系调整方案》，这个方案提出：国民革命同盟会可负责调整两党关系，决定两党共同行动事项，但不能干涉两党内部事务，两党均须遵守共同纲领，但两党又均保留各自的组织独立性及政治批评和讨论的自由权。7月4日，周恩来和博古、林伯渠到西安。7日，他们飞抵上海，也就是这天，震惊世界的“卢沟桥事变”发生。13日，他们到达庐山，立即将《中国共产党为公布国共合作宣言》交于蒋介石，表明重开谈判的诚意和务实的态度。
声明“蒋对红军改编后指挥与人事的意见，我党决不能接受”
蒋介石的庐山谈话会，所邀各界名流都有一席之地，却惟独将中共晾在一边。上次庐山谈判时，蒋介石提出中共应先发表宣言，可是，当《中国共产党为公布国共合作宣言》送达时，蒋介石又予以刁难，以修改其中的一些内容为借口，不愿公开发表这个宣言。周恩来后来回忆说：“我们带去起草好的宣言，他要动手改两句，那时候我们还客气，同意他修改了两点。但修改了他也不发表，总想把‘共产党合法’这一点抹杀掉。”尽管如此，中共中央仍把民族的利益置于至高无尚的地位，表示“愿在蒋指挥下努力抗战，红军主力准备随时出动抗日，已令各军10天内准备完毕，待令出动，同意担任平绥国防。”
蒋介石推翻了上次庐山谈话的内容，提出红军改编后，“各师须直隶行营，政治机关只管联络”，再也不提3个师以上的政治机关可以代行指挥权了。第二天，周恩来致函蒋介石：“华北炮火正浓，国内问题更应迅速解决，其急者为苏区改制与红军改编之具体实施。”同时明确指出，蒋介石的意见和态度与上次庐山谈判，“出入甚大，不仅事难做通”，而且，“恐碍此后各事之进行”。
谈判又成僵持局面，中共中央考虑到全民抗战形势的来之不易，仍是顾全大局，求同存异，张闻天、毛泽东来电指示：“为大局计，可承认平时指挥人事等之政治处制度，请要求设正副主任，朱正彭副。但战时不能不设指挥部，以资统帅。”周恩来根据这一精神，就谈判的问题草拟出“十二条意见”，通过宋美龄转交给蒋介石。这些意见的内容归纳起来是：
国民党中央公开表明赞同《中国共产党为公布国共合作宣言》，各报刊可公开发表；迅速发表陕甘宁政府名义，从张继、宋子文、于右任三人中择一人担任正职，由林伯渠任副职，其范围包括现在所辖18县，其疆界请国民政府行政院和边区政府划定；国共双方派人分赴鄂豫皖、闽浙赣、闽粤赣、湘鄂赣等地联络与传达国共合作方针，对南方红军游击队实行改编；允许中共在延安出版的《解放》周刊在全国发行；红军改编的具体意见。
蒋介石对周恩来的意见没有任何回应的表示，还是坚持红军改编后不设统一的军事指挥机关，3个师的管理直属行营；3个师的参谋长由南京派遣；政治主任只能转达人事、指挥，可以由周恩来为主任、毛泽东为副主任。如果按照蒋介石的如意算盘，红军改编后没有统一的军事指挥机关，一切听命于蒋的“行营”，那么，红军就必然会发生质的变化，再也不是中共领导的武装队伍了。如此心怀叵测，周恩来当即严正声明：蒋对红军改编后的指挥与人事的意见，我党决不能接受。谈判再次陷入僵局，周恩来等离开庐山到达上海。
周恩来在上海注意到华北局势日益危急，致电张闻天、毛泽东，建议红军改编的工作应先行开展，不管形势如何变化，须“立即自行改编三个方面军、六个单位的统一组织，每个方面军编足15000人，独立军、师都编入，加强干部，使各方面军都能独立工作。”7月27日，周恩来到达西安，蒋鼎文当即传达蒋介石的口信：红军迅速改编，出动抗日。针对蒋介石的催促，周恩来让蒋鼎文转告蒋介石：红军同意改编，同意开拔，但是国民党应立即发表《中国共产党为公布国共合作宣言》。
回到延安，周恩来参加中央关于红军改编出动抗日的会议，决定：立即争取西安行营的同意，将红军集中三原改编，编足45000人，3个师以上设总指挥部（将来可让步为军部），朱德任正职，彭德怀任副职。7月29、30日，北平、天津相继沦陷，形势急转直下，民族危亡迫在眉睫，红军改编已是刻不容缓。周恩来和博古立即赶赴云阳镇，出席红军前敌总指挥部召开的红军高级干部会议，共议红军改编、出动抗日的问题。
就在此时，叶剑英从西安拍来电报，告诉周恩来，桂系将领李宗仁、白崇禧，川军将领刘湘将去南京，出席国民政府军事委员会召开的国防会议。蒋介石、李宗仁这对生死冤家，都能坐在一起共议危亡之局，真可谓“兄弟阋于墙，外御其务”。周恩来料想中共也将被邀参加会议。果然，8月1日，毛泽东转来张冲的急电：蒋介石密邀毛泽东、朱德、周恩来速至南京共商国防问题。停顿下来的国共谈判，似又峰回路转，柳暗花明。
蒋介石同意八路军充任战略游击队，执行侧面战，协助友军
周恩来赴南京前，对谈判做了认真的准备，8月4日，他和朱德、博古、林伯渠、彭德怀、任弼时认真研究和讨论后，向中央提出《关于全国对日抗战及红军参战问题的意见》和《关于红军主力出去抗战的意见》。张闻天、毛泽东立即复电，指出，红军担负的是“独立自主的游击运动战，钳制敌人大部分，消灭敌人一部”，“在一定地区内协助正面友军作战”，遵循“按情况使用兵力的原则，在此原则下，承认开拔兵力”。陕甘是我们惟一可靠的后方。
大敌当前，国民党也对共产党表现出一定的善意，周恩来和朱德等来到西安后，得知尚有红军西路军的1000多名被俘人员羁押，便立即往西安行营，直接同蒋鼎文交涉，要求予以释放。当天，便有30名西路军干部获释，接着又有210多人获释。这是一个良好的开端，周恩来怀着希望和信心，9日，同朱德、叶剑英飞抵南京。在南京期间，周恩来、朱德和叶剑英活动频繁，多次与冯玉祥、白崇禧、刘湘和龙云等会晤，处于秘密状态的共产党，在经历10年风雨后，终于得以公开活动。
在国民政府军政谈话会上，周恩来再次阐明中共中央关于对日抗战的方针意见，指出，当前战争中，必须培养出可以独立持久抗战的能力。在正面防御上，不可以停顿于一线及数线的阵地，而应当由阵地战转为平原与山地的扩大运动战。另一方面，则要采取游击战。朱德也作了发言。他们的意见获得与会者的好评，对于国民政府制定全国抗战的战略方针，产生了积极的影响。可是，在讨论国共合作的具体问题上，蒋介石仍然骨头里挑刺，提出种种非议，7月间就交与的《中国共产党为公布国共合作宣言》，他一直不予发布，当周恩来重提此事时，他让康泽出面对周恩来说，中共的宣言不宜提“民主”，应一律改为“民用”；要取消对民族、民权、民生的解释；不同意提同国民党获得谅解而共赴国难等。
就在康泽与周恩来会谈的第二天，日军突然发动对上海的大规模进攻，上海军民奋起抵抗，“八·一三”淞沪抗战爆发，战火正向国民政府所在地南京蔓延。蒋介石措手不及，心中的那点侥幸彻底破灭，下决心与日本决战。周恩来紧紧把握时机，立即向中共中央请示，在将要进行的谈判中，我们应努力达到：（一）努力抗战，以巩固蒋介石的抗战决心；（二）红军立即改编，争取开动；（三）力争发表《中国共产党为公布国共合作宣言》；（四）催促发表正副总指挥。
真是“中华民族到了最危险的时候”，蒋介石再也没有理由不同意中共的条件，国共谈判中久拖不决的问题终于得到落实。18日，红军改编为国民革命军第八路军，设立总指挥部，下辖3个师，任命朱德、彭德怀为正副总指挥。军队中的一切职务包括“各级之副，自副师长到副排长人员”，都由中共自行配备，国民政府只派联络参谋。9月22日，国民党中央通讯社正式播发《中国共产党为公布国共合作宣言》。
根据中共中央书记处的指示，周恩来多次与国民党谈判，强调八路军可以充任战略的游击支队，在总的战略方针下进行独立自主的游击战争。蒋介石、何应钦同意八路军充任战略游击支队，执行侧面战，协助友军，扰乱与钳制日军大部并消灭一部分的作战任务。八路军的战略任务确定后，周恩来和叶剑英立即致电毛泽东等，部队仍以迅速开拔为有利，提议：“至少应以一个旅为先遣部队，先行东进。”毛泽东当日复电彭德怀、任弼时：“同意恩来提议。”红一军团为先遣部队，即日出动。自8月下旬起，八路军3个师的主力陆续由韩城等处东渡黄河，经同蒲铁路开赴抗日前线。
红军主力的改编刚一落实，周恩来便考虑与蒋介石讨论南方红军游击队的改编和中共合法机构的问题。何应钦代表蒋介石同周恩来具体商谈，何应钦同意中共派人到南方各游击区，传达中共中央指示和协助红军游击队改编为国民革命军新编第四军。
还是在西安谈判时，顾祝同便同意中共在西安设立办事处。卢沟桥事变后，阎锡山也允许中共在太原设立办事处。这次通过与蒋介石等的谈判，国民党允许在南京、上海等地设立中共代表团和八路军办事处。后来，又在武汉、长沙、兰州等地设立中共代表团办事处、八路军办事处、新四军通讯处等。
谈判中，周恩来强烈要求国民党释放被关押的共产党员。8月18日，他和叶剑英到“首都反省院”看望被捕的中共党员，经过反复交涉，当天，夏之栩、熊天荆、王根英获释。随后，陶铸、钱瑛、刘宁一、帅孟奇、张琴秋等也获释。
早在庐山谈判时就提出的中共在南京公开出版发行《新华日报》的要求，也在这次收到国民党中央宣传部的批文。周恩来十分高兴，立即和朱德前往拜望国民党元老、监察院院长于右任，请他为《新华日报》题写报名，于右任欣然应允。
南京谈判历时10多天，一些根本问题都已解决，第二次国共合作的局面已然形成。8月21日，周恩来参加将在洛川召开的政治局扩大会议，离开南京前往西安，谈判中的未竟事宜，交与叶剑英等继续谈判和交涉。文